在太平洋范围内，一批探测员乘坐轮船打算去海洋深处探测，正在他们进行任务对接时，船上人员监测到深海附近有不明障碍物靠近，他们紧急联系入海人员，但最终发生了惨剧，海底监测人员被鲨鱼所食。六个月后，在墨西哥靠近太平洋的海岸港口附近，鲨鱼又出现了，人们并不知情。一个爱好潜水的年轻人在海水中发现了一枚鲨鱼的牙齿。这枚牙齿引起了年轻人的兴趣，他开始寻找相关的资料。而鲨鱼真的会再次出现在墨西哥的港口吗？人们的生命将会受到威胁吗？

丹顿残党妄图干扰人类世界，马拉、卡米尤与罗贝斯将深海花音从眼魔世界带出，想利用她实现丹顿的野心。然而天空寺尊接到消息后火速赶来，激烈的战斗过后，花音独自逃脱，来到外界寻找哥哥深海诚。天灾发现花音是人造人，因此十分感兴趣，想要认花音当妹妹。两人纠缠之际，假面骑士圣刃，也就是神山飞羽真正好经过，仗义出手和天灾打了起来。随后众人发现看似柔弱的花音实力深不可测，连天灾都在她手上吃了亏。几经周折过后，罗贝斯、天灾、飞羽真还有尊四方势力狭路相逢，飞羽真与尊分别变身为假面骑士圣刃与假面骑士灵骑，两人携手作战，最终战胜了