主人公朝仓陆有一天入手了了捷德升华器与奥特胶囊，得到了变身成捷德奥特曼的力量。与此同时也知道自己继承了堕入邪恶的黑暗巨人贝利亚奥特曼的遗传基因。自己作为在地球长大的普通年轻人，知道了自己其实是贝利亚的儿子。捷德奥特曼，也就是朝仓陆的命运发生了巨大变化。

3000万年前，一股黑暗力量使世界陷入恐惧。最后是光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。不过，光之巨人也用尽了自己的力量，在红色星球上陷入了长眠。时光流转，地球和平同盟“TPU”在地球组建了精英小组“精英胜利队”。主人公真中剑悟生活在新开拓的火星上，他有一个梦想，就是守护大家的笑容。剑悟平日里在植物研究中心工作，他是名植物学家。最近他总是重复做一个恶梦，梦里总出现一名神秘的巨人，这让他十分苦恼。